Os Grupos de Trabalho (GTs) intermedeiam a comunicação dos grupos indígenas com as instâncias superiores. Identificam os problemas, promovem a sua discussão e dão sugestões sobre como abordá-los de forma eficiente. Levam essas sugestões às instâncias superiores competentes e trazem as respostas, que são novamente discutidas e transmitidas aos representantes dos grupos indígenas que compõem o conselho.

O Cepisp possui seis GTs, cada um atuando em uma área específica:

• Terras Indígenas;
• Meio Ambiente;
• Culturas Indígenas;
• Educação Indígena;
• Saúde Indígena;
• Moradia Indígena;
• Temas Transversais.